Nghiên cứu sự biến đổi di truyền các gen PB2, PB1 và PA polymerase của virus cúm A/H5N1 đương nhiễm tại Việt Nam

Abstract

THÔNG TIN TÓM TẮT VỀ NHỮNG KẾT LUẬN MỚI

CỦA LUẬN ÁN TIẾN SỸ

1- Sáu biến chủng virus cúm A/H5N1 phân lập tại Việt Nam từ 2007 – 2011 trong nghiên cứu, chứa các gen PB2, PB1 và PA không có đột biến về số lượng nucleotide và amino acid mã hóa, so với các gen tương ứng của virus A/H5N1 phân lập từ 2003 đến nay.

- Protein PB2 của 6 biến chủng virus này có sự bảo tồn glutamic acid tại vị trí 627 (E627) và aspartic acid tại vị trí 701 (D701). Protein PB1-F2 của chủng A/Duck/VietNam/QT801/2011(H5N1) clade 2.3.2.1 chỉ chứa 9 amino acid. Protein PB1-F2 của chủng A/Duck/VietNam/QT802/2011(H5N1) clade 2.3.2.1 và 2 chủng: A/Chicken/VietNam/DT382/2008(H5N1), A/Duck/VietNam/TG926/2009(H5N1) clade 1.1, có đột biến thay đổi amino acid từ arginin thành serin tại vị trí 66 (N66S).

- Phức hợp enzym polymerase của 6 biến chủng virus cúm A/H5N1 nghiên cứu, có sự thay đổi 12 amino acid gồm: 4 vị trí (I504V, Q508R, I675L và A683T) trong protein PB2, 4 vị trí (L13P, V171M, R198K và H436Y) trong protein PB1, 4 vị trí (P224S, S515T, I550L và N615K) trong protein PA, tương tự nhóm virus cúm A/H5N1 độc lực cao được biết cho đến nay.

2- Các gen PB2, PB1 và PA polymerase của 6 biến chủng virus nghiên cứu, gồm: A/Duck/VietNam/QT801/2011(H5N1) và A/Duck/VietNam/QT802/2011(H5N1) (clade 2.3.2.1), A/Duck/VietNam/NA72/2007(H5N1) và A/Duck/VietNam/NA114/202007(H5N1) (clade 2.3.4.3), A/Chicken/VietNam/DT382/2008(H5N1) và A/Duck/VietNam/TG926/2009(H5N1) (clade 1.1), lần lượt theo thứ tự đều đạt tỉ lệ tương đồng 96% - 99% về nucleotide và 98% - 99% về amino acid, so với các gen tương ứng của virus A/H5N1 clade 2.3.2.1, 2.3.4.3 và 1.1 phân lập từ 2007 đến nay.

3- Các gen PB2, PB1 và PA của 2 biến chủng virus: A/Duck/VietNam/QT801/2011(H5N1) và A/Duck/VietNam/QT802/2011(H5N1) (clade 2.3.2.1), cùng với 2 biến chủng A/Duck/VietNam/NA72/2007(H5N1) và A/Duck/VietNam/NA114/202007(H5N1) (clade 2.3.4.3), có nguồn gốc từ nguồn gen virus A/H5N1 genotype V hình thành tại Trung Quốc giai đoạn 2004 - 2006. Các gen trên của 2 biến chủng A/Chicken/VietNam/DT382/2008(H5N1) và A/Duck/VietNam/TG926/2009(H5N1) (clade 1.1), có nguồn gốc từ nguồn gen virus A/H5N1 genotype Z hình thành tại Trung Quốc giai đoạn 2002 - 2003.

Tóm tắt tiếng anh:

SUMARY INFORMATION

OF NOVEL CONTRIBUTIONS OF THE DISSERTATION

1- PB2, PB1 and PA genes of 6 A/H5N1 infuenza virus strains in this study, that isolated in Vietnam from 2007 to 2011, have no mutation of the nucleotide and amino acid amount, in comparison with the corresponding genes of A/H5N1 strains, that isolated from 2003 to present.

- The PB2 protein of 6 A/H5N1 strains has conserved glutamic acid at the 627th position (E627) and aspartic acid at the 701th position (D701). The PB1-F2 protein of the strain A/Duck/VietNam/QT801/2011(H5N1) was truncated and has only 9 amino acids. The PB1-F2 protein of the strain A/Duck/VietNam/QT802/2011(H5N1), and the other two strains, namely A/Chicken/VietNam/DT382/2008(H5N1) and A/Duck/VietNam/TG926/2009(H5N1), have a mutation of changing amino acid arginin to serin at the 66th position (N66S).

- The polymerase complex of 6 A/H5N1 strains in this study, possesses amino acid changes at 12 positions, including 4 positions (I504V, Q508R, I675L, A683T) in PB2, 4 positions (L13P, V171M, R198K, H436Y) in PB1 and 4 positions (P224S, S515T, I550L, N615K) in PA protein subunit, as observed in the higly pathogenic avian influenza viruses of A/H5N1 up to date.

2- PB2, PB1 and PA polymerase genes of 6 A/H5N1 influenza virus strains, ie. A/Duck/VietNam/QT801/2011(H5N1) and A/Duck/VietNam/QT802/2011(H5N1) (clade 2.3.2.1), A/Duck/VietNam/NA72/2007(H5N1) and A/Duck/VietNam/NA114/202007(H5N1) (clade 2.3.4.3), A/Chicken/VietNam/DT382/2008(H5N1) and A/Duck/VietNam/TG926/2009(H5N1) (clade 1.1), have a high homology rate (%) of nucleotide (96% - 99%) and and amino acid (98% - 99%), in oder respectively, in comparision with the corresponding genes of clades 2.3.2.1, 2.3.4.3 and 1.1 of A/H5N1 viruses isolated from 2007 to present.

3- PB2, PB1 and PA polymerase genes of 2 virus strains, A/Duck/VietNam/QT801/2011(H5N1) and A/Duck/VietNam/QT802/2011(H5N1) (clade 2.3.2.1), with 2 virus strains A/Duck/VietNam/NA72/2007(H5N1) and A/Duck/VietNam/NA114/202007(H5N1) (clade 2.3.4.3), derived from the V genotype of the A/H5N1 influenza virus genome source, that generated in China during 2004 – 2006 period. The polymerase genes of the other 2 virus strains, A/Chicken/VietNam/DT382/2008(H5N1) and A/Duck/VietNam/TG926/2009(H5N1) (clade 1.1), derived from the Z genotype of the A/H5N1 influenza virus genome source, that generated in China during 2002 – 2003 period.